Programy byly vymezeny v návaznosti na 8 tematických okruhů stanovených na národní úrovni, které představují „převodník“ mezi úrovní národních rozvojových priorit a cílů a prioritních os jednotlivých programů. Tyto okruhy se opírají o řádně zdůvodněné problémové analýzy zpracované resorty, kraji a zástupci měst a obcí a byly podrobeny dlouhé, důkladné a detailní debatě a systematickému ověřování potřeb ze strany partnerů.